Da sich im Wasser normalerweise nach einer gewissen Zeit Algen und Schimmel bilden würden, werden die Wasserbetten mit einem so genannten Konditionierer ausgeliefert. Dieser spezielle Zusatz verhindert die Bildung von Algen, Schimmel und Bakterien in der Matratze und deshalb muss das Wasser nicht gewechselt werden. Der Konditionierer enthält den bioziden Wirkstoff Benzalkoniumchlorid und weitere Additive, die zusammen eine gute Verteilung des Wirkstoffes, eine gute Entlüftung und die Pflege des Vinyls gewährleisten. Der Konditionierer sollte alle sechs Monate angewendet werden, damit das Wasser immer eine optimale Qualität vorweisen kann uns sich keine Algen bilden können. Dies hätte zum Nachteil, dass das Wasserbett nach einer gewissen Zeit stinken würde und der Kunde diesen unangenehmen Geruch nur noch mit einem Wasserwechsel bekämpfen könnte.
Neu auf dem Markt sind Filtersysteme, die das Wasser vorher dem Einfüllen so filtern und reinigen, dass ein Konditionierer im späteren Alltag nicht mehr benötigt wird. Damit der Kunde die Wassermatratze lange nutzen kann, sollte diese alle zwei bis drei Monate von außen gereinigt und anschliessend mit Vinylpfleger behandelt werden. Dadurch ist den hohen hygienischen Ansprüchen immer Folge geleistet. Bei Wasserbetten sollte zwar immer eine Auflage verwendet werden, aber Hautschuppen, Schweißsalze und ähnliches dringen natürlich auch durch die Auflage und greifen das Vinyl an.
Neben dem Vinylreiniger gibt es noch spezielle Vinylcremes zu kaufen. Der Vinylreiniger reinigt das Wasserbett gründlich und neben der Reinigung wird es zusätzlich noch gepflegt. Die Pflegewirkung kann mit den so genannten Vinylcremes noch erhöht werden. Diese versehen die Wassermatratze bei regelmäßiger Anwendung mit einer Schutzschicht, die vor Verunreinigungen und Schäden schützt.
